Анын эмгеги Кыргызстанда илим жана билимди өнүктүрүүгө багытталган.
Алтай Борубаев Кыргыз Республикасынын Улуттук илимдер академиясынын академиги болуп саналат жана «Тотумдашуу жылдыздары» деген ТМДнын аралыктар аралык сыйлыгын кошо алганда, көптөгөн сыйлыктарга ээ болгон. Ал Кыргыз Республикасынын илим жана техника тармагындагы Мамлекеттик сыйлыгынын эки жолу лауреаты болуп, ошондой эле илимдин эмгек сиңирген ишмери наамына ээ. Анын сыйлыктарынын катарында III даражадагы «Манас» ордени жана ТМДнын Межпарламенттик ассамблеясынын «Содружество» ордени бар. Учурда ал Кыргыз Республикасынын Улуттук илимдер академиясынын Математика институтунун директору болуп кызмат кылууда.
Борубаев 16 илимий монографиялардын жана китептердин автору, ошондой эле 15 өлкөдө жарыяланган 130дан ашык илимий макалалардын автору. Ал дүйнөнүн 39 өлкөсүндөгү университеттерде өзүнүн илимий иштерин сунуштаган. Анын жетекчилиги астында республикада 20дан ашык эл аралык илимий конгресс жана конференция өткөрүлгөн.
Бүгүнкү күндө ал Кыргызстан илимдеринин союзунун президенти, Кыргыз Республикасынын Улуттук илимдер академиясынын Президиумунун мүчөсү жана Кыргыз математикалык коомунун жетекчиси болуп кызмат кылууда. Мындан тышкары, ал математика боюнча бир нече эл аралык илимий журналдардын редакциялык кеңешинин мүчөсү.
