Согласно архивным данным, с 1899 по 1905 год в регионе начала свою деятельность первая группа врачей.
В 1908 году в поселке Пржевальск был открыт военный госпиталь, на 48 коек. В нем трудились один врач, два фельдшера и один акушер, а финансирование обеспечивал местный бюджет. Учреждение состояло из четырех палат, приемной, аптеки и кабинета врача.
Врачи работали без выходных и принимали пациентов круглосуточно. В этот период у людей диагностировались такие заболевания, как оспа, тиф, малярия, туберкулез и другие инфекционные болезни.
По постановлению народного комиссариата здравоохранения РСФСР от 2 июля 1925 года, бесплатную медицинскую помощь получали государственные служащие, их семьи, члены профсоюзов, военные и инвалиды труда.
Согласно указанию исполнительного комитета Кыргызской автономной области от 13 сентября 1925 года, все медицинские учреждения предоставляли населению услуги бесплатно.
Партийные организации и исполнительные комитеты активно работали над увеличением числа медицинских учреждений и повышением качества услуг.
В 1926 году в Караколе функционировала больница на 30 коек с шестью штатными единицами. В венерологическом диспансере работали два врача.
Руководителем отдела здравоохранения был Петр Ильич Смородин. С мая 1924 года этот пост занимал Иван Алексеевич Лаженицын, выпускник Казанского университета.
В городских больницах в течение многих лет трудились врач Вольдемар Бекман и гинеколог Мария Ефимовна Хахалева, которые были супругами и за 30 лет работы в медицине получили множество государственных наград.
В промежутке 1928-1929 годов в больнице Каракола было 60 коек: 22 в терапевтическом отделении, 38 в хирургическом и 10 в родильном отделении. В 1930 году в роддоме добавили еще 10 коек.
В 1928 году была открыта больница в Сазановке на 15 коек, где работали один врач, один фельдшер и одна акушерка.
Также в Тюпском районе в отремонтированном старом здании появилась больница на 15 коек. В дальнейшем медицинские учреждения открылись в таких населенных пунктах, как Покровка, Кольцовка, Чолпон-Ата, Ново-Вознесеновка и Уйтале (по документам).
По статистическим данным, в 1927-1928 годах в Покровке было обслужено 6852 пациента, в Кольцовке — 10328, в Чолпон-Ате — 3331, в Ново-Вознесеновке — 3857, а в Уйтале — 1437 пациентов.
21 ноября 1939 года Указом Президиума Верховного Совета СССР была образована Иссык-Кульская область, и одновременно был учрежден областной отдел здравоохранения.
